O protocolo POP não tem por objetivo permitir manipulação de mensagens no servidor. A intenção é permitir que as mensagens sejam entregues e então excluídas do mailbox.

A vantagem do POP é que o mailbox fica sempre limpo, por isto pode ser mais útil para Mailbox de tamanho espaço pequeno. Para acesso discado é recomendável a utilização de POP.

IMAP - Internet Message Access Protocol, é um protocolo mais novo e com diversas vantagens. O programa de email (ex: Outlook, Netscape Messenger e Eudora) conecta ao servidor utilizando o protocolo IMAP e sincroniza o leitor de email com o servidor, assim as mensagens são lidas e continuam arquivadas no servidor, permitindo que o usuário acesse o Mailbox com todas as mensagens de vários computadores diferentes.

Através do protocolo IMAP é possível gerenciar múltiplas caixas postais, incluindo a facilidade de criar, editar, renomear e remover pastas diretamente no servidor.

Também é possível economizar tempo, baixando apenas cabeçalhos das mensagens, de maneira que possa escolher quais mensagens deseja ler mais tarde e quais deseja exibir na sua totalidade.

É possível acessar de diferentes lugares ao mailbox e com suas mensagens, pois as mensagens e pastas ficam armazenadas no servidor. Acesse mensagens remotas como se fossem locais.

A sincronização permite que várias pessoas utilizem um mailbox compartilhado. É útil quando vários atendentes são responsáveis por mensagens endereçadas para o mesmo Mailbox, por exemplo toda equipe financeira da sua empresa tem acesso ao mailbox  Este endereço de email está sendo protegido de spambots. Você precisa do JavaScript ativado para vê-lo. onde constam todas as mensagens recebidas e respondidas de forma sincronizada e arquivadas no servidor.

Para isto basta configurar o mesmo Mailbox, com as mesmas informações de acesso em vários computadores.

Mesmo que o usuário formate a máquina sem fazer backup, os emails não são perdidos, pois estão armazenados no servidor.